경제적, 문화적으로 독립적인 중산층 형성과 민주주의의 발전이 이루어지면서, 유럽의 평민들은 종교적 능력을 이성이나 양심의 차원에서 인정받고 싶어하기 시작했다. 이들 사이에서 교회의 타락과 낙후가 공공연한 비판의 대상이 되어, 교회와 평민들의 관심이 점점 괴리되고 경건한 평민들은 자본주의와 민족주의의 세속적 영향을 받았다. 따라서 이들의 욕구를 좀더 충족시켜줄 수 있는 교회의 모습을 갈구하게 된다.

루터(Martin Luther(1483-1546))의 개혁

루터는 어거스틴 수도원에 들어가 고행, 금욕, 규율 준수를 실천했으나, 신의 은총을 확신하지 못했다. 그는 1507년 신부가 된 후, 비텐베르크 대학 교수로 활동했다.그는 아리스토텔레스를 비판했고, 성서에 대한 집중적 관심을 나타냈다. 성서연구를 통해 교황청의 타락에 대한 반감을 키웠고, 특히 바울의 '의인은 믿음으로 말미암아 살 것'(롬 1:17)이라는 가르침에 큰 영향을 받았다. 즉 인간의 선행이 아니라 신앙으로 은총을 받는다는 것이었다. 따라서 교황청이 면죄부 파는 것에 강경한 이의를 제기하게 되었다. 1517년 10월 31일 95개조의 반박문을 게시했고, 이로 인한 사회적 파장이 커지며 교황청의 공격을 받게 되었다. 하지만 루터는 더 성서를 연구하여 대부분의 교회의식과 가톨릭이 반성서적이라고 단정하게 되었다. 그는 결국 모든 신앙인은 전부 사제라고 선언하며 개혁을 시도하게 되었다. 우선 종교의식의 민주화로,라틴어로 드리던 의식을 평민들도 알 수 있는 독일어로 거행하기 시작했다. 그후 가톨릭 신학자 John of Eck와의 논쟁으로 교황청으로부터 정죄장을 발부받게 된다. 그러자 루터는 은신하며 신약의 독일어번역을 시작했다. 하지만 독일인의 대부분은 루터를 지지했고, 영주들의 지지도 획득하기 시작했다. 그러나 루터는 급진주의자는 아니었고, 고정된 신학체계와 입장을 남기지도 않았다. 그의 신학적 입장은 토마스 아퀴나스와 아리스토텔레스 비판하며 어거스틴과 바울에 심취하는 것이엇다. 같은 개혁자인 스위스의 Zwingli와의 이견도 있었는데, 루터는 화체설은 부인하지만 그리스도의 몸이 빵과 포도주의 요소 안에 요소와 함께 그리고 요소 아래 정신적으로 존재한다는 공재설을 주장함으로 쯔빙글리와의 협상이 결렬된다. 이는 루터의 보수성을 나타낸다. 그넌 사회적, 정치적으로도 보수주의를 표방해서, 1524년 농민전쟁에서 영주들을 지지하기도 했다. 이러한 루터의 개혁은 독일 국가주의의 토대를 마련하는 정치적 효과도 가져왔다.

스위스의 종교개혁

쯔빙글리(1484-15310는 미신과 비합리주의에 반대했다. 그는 신약으로의 복귀를 옹호했고, 1522년 성서에 제시된 것에 의해서만 구속을 받고 그것을 실천해야 한다는 확신을 얻었다. 그 후 모든 성상과 십자가 제거, 오르간 반주 없이 찬송가 부를 것을 쮜리히 시민들에게 제안했고 가톨릭 미사를 거부했다. 그는 성례전 교리에 있어서, "이것은 나의 몸이다" 를 "이것은 나의 몸을 표시한다"라는 의미로 해석했다. 즉, 성례전의 상징적 의미만을 인정한 것이다. 한편 교회의 의식의 중심은 설교라고 주장했고, 조직적으로는 지역교회의 행정은 장로회의에서 결정해야 한다고 주장했다. 이러한 개혁과정에서 가톨릭과 전쟁 중 사망한다.

John Calvin(1509-1564)

깔벵은 26세때 [기독교강의] The Institutes of the Christian Religion를 출판했다. 이 책은 장로교의 토대를 마련한 저작으로 평가된다. 그는 종교의 핵심적 사실은 신의 주권이며, 인간은 성서에 나타난 성스러운 계시의 도움을 받아 신에 대한 지식을 얻는다고 강조했다. 인간의 타락은 인간의 본성도 왜곡했으며, 따라서 인간을 구원하는 것은 신앙에 의한 의인이며 이것은 성화를 통해 이어진다고 주장했다. 한편 예정설을 주장했고, 불가시적 교회(하늘과 땅에 있는 신이 선택한 사람들로 구성)와 가시적 교회(신앙을 고백한 땅의 사람들로 구성)를 구분했다. 그리고 의무와 자기훈련을 중시하여, 건전한 명상, 성서읽기, 신의 의지 실천의 청교도적 태도를 확산시켰다.

다른 지역의 종교개혁

프랑스의 위그노 교인들 Huguenots은 깔벵의 입장을 더 완고히 고수했다. 이들은 가톨릭을 지지하는 기즈 가와 내전을 일으켰고, 1598년 낭트 칙령에 의해 양심의 자유와 시민권, 활동의 자유 보장받았다. 그러나 루이 14세가 낭트칙령 폐기하고 위그노교인들의 이민을 강요했다.

네델란드에서는 공동생활형제단의 영향으로 개혁 거세지고, 마찬가지로 깔벵주의를 신봉하게 되었다.

영국에서는 왕의 개인적 변덕으로 종교개혁이 발단했다. 영국의 종교개혁가들은 온건주의를 표방했고, 헨리 8세도 신학적으로는 보수적이었다. 그는 화체설을 인정하고, 성직자의 결혼을 공식적으로 금지했다. 에드워드는 가톨릭과 프로테스탄트의 구미에 맞게 수정한 1559년의 일치령으로 영국교회의 39개 조항이라는 신조를 명시했다.

재세례파(아나뱁티스트)들은 주로 평민층이었다. 이들은 신약을 문자 그대로 추종해서, 유아세례를 거부하고, 성직제도도 거부했다.

가톨릭의 개혁운동

트렌트회의(1545-1563)

프로테스탄트를 끌어들이기 위해 찰스 5세가 교황 바오로 3세로 하여금 1545년 트첸트회의를 소집하게 했다. 그러나 가톨릭 지도자들은 교리와 개혁을 구분하여 따로 토론할 것 주장하고, 여기에서 중세의 가톨릭 교리를 다시 강조했기 때문에  프로테스탄트와의 타협은 불가능했다. 결국 가톨릭의 입장을 고수하며 교육과 교회 행정에서 도덕을 준수하고 교육을 강화할 것을 지지했으며,

프로테스탄트들의 책을 못 읽도록 금지했다. 1542년에는 바오로 3세가 교회재판소를 재조직하여 프로테스탄트 제거의 제도적 장치를 마련했다.

예수회

한편 Ignatius Loyola(1491-1556)는 예수회(the Jesuits)를 조직했다. 그는 스페인 귀족 출신의 군인으로, 프랑스와 전쟁중 부상을 입고 병원에서 치료받던 중 그리스도, 도미니크, 프란시스의 생애에 관한 책을 읽고 동정녀 마리아의 기사가 되기로 결심했다. 예수회는 영적 훈련으로 체계화했고, 악에 대한 전쟁을 시작했다. 이냐시오는 스페인과 파리 대학에서 학업에 전념하며 추종자들과 함께 훈련했고, 1534년 예수의 군대를 조직, 1540년 교황 바오로 3세의 승인 아래 예수회를 조직했다. 이들은 엄격한 군대적 규율 준수와 영적 훈련, 영적 지도자에 대한 복종, 그리스도에 대한 철저한 충성 맹세를 표방했다. 특히 영적 지도자들의 가르침에는 죄가 없다고 생각했다. 회원이 되기 위한 과정으로는 4주간의 수습기간(영적 훈련)을 요청했다. 예수회는 선교 사업에서 큰 성과를 나타냈다. Xavier와 그 동료들은 인도, 일본, 중국에 가톨릭을 전파했고, 16,17세기 예수회원들은 남미와 멕시코, 캘리포니아에 선교했다. 이들은 정치적 영향도 미쳤지만, 18세기 이후 정치적 기반을 상실하게 된다.